تعتمد مؤسسة الهادي منهجية التعليم الصادرة عن المركز التربوي للبحوث والإنماء في لبنان حيث يقوم الفريق التربوي العامل بتعديلها لكي تتلاءم مع احتياجات الطلاب على الرغم من إختلاف إعاقاتهم.
بالإضافة إلى برامج مساندة خاصة للطلاب ذوي الحاجات الخاصة مثل برامج تنمية المهارات الحياتية والإستقلالية، العلاج اللغوي والفيزيائي والانشغالي والنفسي والحسي حركي.. وتقدم لطلابها مجموعة من المعينات والوسائل التعليمية والأدوات تبعاً لإحتياجاتهم.